In grote stappen tot 1900
Het huidige Wilnis vormt samen met Mijdrecht en Vinkeveen de gemeente "De Ronde Venen". Deze naam dankt de gemeente aan de cirkel die een aantal oude (afwaterings) riviertjes, zoals De Angstel, Kromme Mijdrecht, De Geer en de Amstel vormen rond het gebied. Het gebied maakte vroeger deel uit van een grote binnenzee, vergelijkbaar met de huidige Waddenzee. Deze zee strekte zich uit over heel West Nederland.
Volgens geologen is deze zee verland door duinvorming. Op de aanwezige rivier- en zeeklei groeide veenmos, dat in de loop der tijd een steeds dikker wordende veenlaag vormde. Nadien groeiden op deze bodem hogere struiken en bomen. Door hevige stormen, wellicht gepaard gaande met stormvloed, zijn de bomen verdwenen en overwoekerd door het veen. Nu nog komen bij graaf- en bagger werkzaamheden stammen van deze bomen te voorschijn.
Er wordt wel eens beweerd dat "Wilnis" is afgeleid van het woord "Wildernis". Dat is echter niet zeker. Zeker is wel dat het gebied eeuwenlang moeilijk bereikbaar en begaanbaar was. Uit een oorkonde van het jaar 1085 blijkt dat het gebied waartoe Wilnis behoorde een moerassige streek was, waarin grondstukken uitgegeven werden om te worden verveend.
De eerste ontginningen bestonden voornamelijk uit het graven van sloten, zodat het overtollige water afgevoerd kon worden. Door deze "drooglegging" onstond vruchtbaar land voor de veeteelt, met langs de riviertjes akkerbouw.
Later werd ontdekt dat de veenbodem uitstekend geschikt was als brandstof. Dit leidde ertoe dat, vanaf de zeventiende eeuw tot ongeveer 1910, veel veen werd afgegraven, waardoor grote plassen ontstonden. Rond Wilnis zijn deze plassen in de eerste helft van de vorige eeuw grotendeels weer drooggelegd (bijvoorbeeld in Nieuwkoop zijn de veenplassen nog grotendeels aanwezig). In Wilnis is het Gagelgebied, met mooie veenplassen en legakkers, behouden gebleven.
1900-1960
Na het stoppen van de turfwinning, zo rond het begin van 1900, tot aan pakweg 1960 werd er weinig gewijzigd in de polder. De boeren legden zich vooral toe op veeteelt en grote gebieden hadden een waterpeil. Tot ongeveer 1960 was de polder te schetsen als een "vaarpolder": koeien, hooi en mest werden vervoerd per praam. De boeren hadden er dus alle belang bij om de sloten en vaarten op diepte te houden. Bij gebrek aan machines werd de modder handmatig, met de zogenaamde beugel, uit de sloten verwijderd!
De Wilnisse polders stonden in open verbinding met bijvoorbeeld de Vinkeveense plassen. Dat was niet alleen mooi voor het varen, maar ook heel belangrijk voor het migreren van vis tussen de diepe plassen en de ondiepere poldersloten. Die laatste boden natuurlijk prachtig plek voor de paaiende vis in het voorjaar en de zomer!
Herinrichting na 1970
In de jaren na 1970 is er veel veranderd in de polder. Er kwam een ruilverkavelingsplan, boeren moesten verhuizen of land ruilen en het gebied werd "meer geschikt" gemaakt voor het boerenbedrijf. Het gebied werd opgedeeld in diverse waterpeilen, hetgeen leidde tot waterpeilverlagingen en meer dammen. Kortom: de polder veranderde van een vaar- in een rijpolder. De boterberg was al groot, maar moest nog groter worden. Boeren werden op grote schaal aangemoedigd nieuwe, grotere, stallen te bouwen en kregen melksubsidie. Het aantal koeien verdrievoudigde zich binnen een paar jaar. De afloop diende zich al na een paar jaar aan: we verdronken in de melk. Er kwamen melkquota en even later moesten de boeren ook nog een mest-boekhouding bijhouden! Je kunt de overheid bepaald niet betichten van een lange termijn visie!
Inmiddels zijn grote delen van het poldergebied in de Ronde Venen door de overheid aangewezen als onderdeel van de te creeren "Groene Gordel". De Groene Gordel moet ervoor zorgen dat we nog wat frisse lucht en natuur overhouden in west/midden Nederland. Om dat voor elkaar te krijgen worden veel landerijen opgekocht door Staatsbosbeheer en Natuurmonumenten. Inmiddels hebben veel boeren hun agrarische activiteit reeds beeindigd of zijn naar elders uitgeweken.
Hoe de "Groene Gordel" er uiteindelijk uit zal zien is nog niet geheel duidelijk.